大部分生殖器畸形，可以通过整形手术来恢复。
包茎属于生殖器畸形的一种，也是最简单的一种，通过行包皮环切术，可以有效降低龟头炎、龟头癌的发生，如果处理不当也能造成严重后果。
隐睾的患者，需要在出生后6~12个月及时行睾丸下降固定术，避免睾丸发生萎缩、坏死，甚至是恶性病变。
但对于睾丸缺如的患者，为了减轻患者自卑的心理，可以行人工睾丸植入术。这种手术可以从外观上改善症状，但是不能代替睾丸的功能。对于输精管缺如导致的畸形，目前没有太好的治疗办法。