内生软骨瘤早期通常没有特征，晚期可能会引发病理性骨折等并发症。
内生软骨瘤可发生在骨内和骨表面，早期的内生软骨瘤患者一般没有明显的临床症状，也可能在病变部位会出现肿胀。如果出现在手足部，就可能出现畸形的症状。
随着病情的发展，晚期的内生软骨瘤患者，可能会出现疼痛性的肿物，肿瘤容易发生恶性病变，会有截肢的可能性。
内生软骨瘤生长比较缓慢，可长期的没有临床特征，一般不会出现疼痛。但是，发现内生软骨瘤后，最好尽早的进行治疗，避免肿瘤发生恶性病变，后期导致不良的后果。