同房以后小腹疼痛主要原因有生殖系统的器质性疾病、生殖系统的感染性疾病、精神心理因素和生殖道的损伤性疾病等。
1.生殖系统的器质性疾病。如果同房的时候，男女同时患有前列腺增生、前列腺癌、宫颈癌、子宫内膜异位症等生殖系统的器质病变，可能因为性器官内正常的生理结构发生异常，压迫周围的神经和血管，导致同房后小腹部的疼痛。
2.生殖系统的感染疾病。比如阴道炎、盆腔炎和子宫内膜炎，男性患有龟头炎、睾丸炎、前列腺炎等等，炎性细胞会刺激感觉刺疼痛，感觉器和神经末梢在性生活的时候会出现小腹疼痛的感觉。
3.精神性的因素。不论是男女，长期处在一种压抑、紧张、焦虑的情绪，会引起中枢神经功能紊乱。在性交过程中或者性交后，会出现小腹部的疼痛。
4.生殖道损伤性疾病。由于性交的一个行为过猛或者是性交的姿势不对，造成生殖道的损伤，也会出现腹痛的症状。