做增强的核磁共振时所注射的造影剂对人体是有一定的危害的，比如有些人会发生过敏反应，有一些人会发生肾脏的损伤。
但是相对于增强CT所使用的造影剂，核磁所使用的造影剂发生这种问题的几率是非常低的。有一些人体质比较特殊，比较容易出现过敏反应，轻度的可能会出现皮肤的潮红、皮疹、恶心、呕吐，中度或者是重度的患者有可能会出现血压的下降、喉部的痉挛，甚至是休克等严重的并发症。
还有的患者由于本身有一些肾脏的基础疾病，在使用造影剂之后，有可能会出现肾功能的下降。