临床上确诊食管癌，首先需要做组织的病理免疫组化检查，通过病理提示的鳞癌或者腺癌，对食管癌的病理性质进行确诊。
对于病理学确诊的食管癌患者，还需要做胸腹部加强CT、全身骨扫描、脑部磁共振等多项辅助检查，判断具体的临床分期。
做了这些检查后的患者，还可以做血液中各项肿瘤指标的检查，例如糖类抗原125、癌胚抗原、糖类抗原724，或者SCC等肿瘤标志物。可以用于辅助诊断食管癌的疾病，也可以作为评估疾病进展的一项指标。