睾丸肿瘤和睾丸囊肿的组织结构不同。睾丸肿瘤属于一种增生性的病变，在睾丸增大的同时，伴有细胞数量的增多。睾丸囊肿属于一种细胞扩张性的病变，睾丸囊肿在睾丸肿大的同时，往往不会伴有细胞数量的增多。
睾丸肿瘤既有良性肿瘤也有恶性肿瘤。良性肿瘤对人体的损害比较小，恶性肿瘤的破坏性比较大，疾病的晚期可以发生远处的转移，可以使患者的生存时间缩短。
睾丸囊肿属于一种良性的病变，大多数患者病情比较平稳，主要表现为局部压迫的症状不会发生转移，也不会对患者的生存时间造成影响。