小儿两性畸形手术的风险是很大的。大多数小儿是在母亲体内没有发育好，出生以后会出现外生殖器分不清男孩或女孩，多数有阴茎，有的小儿可有男女两种外生殖器。
小儿的性染色体，性腺及外生殖器表现不一致，可分男性畸形、女性畸形等。要先检查孩子的染色体和性腺，然后才能确定孩子的性别是男孩子还是女孩。
一般孩子太小不适合做手术，要等到孩子两周岁以后再手术，可以带孩子去三甲医院做手术，这种手术很复杂，有的还需要多次手术才能改善小儿的性别畸形。