永存动脉干会导致患儿肺血流量的明显改变，所以症状也会不一样。
如当患儿的肺血流量增多时，常表现为呼吸困难、心力衰竭的症状。当肺血流量减少时口唇、皮肤黏膜常会出现紫绀，同时还伴有红细胞增多以及杵状指的表现，当心脏无法提供足够的血液给其他组织，就会出现心脏的增大或者心功能的减弱。
在治疗上需要把握好时间，大约新生儿在出生两周内就进行手术治疗，手术成功率可达90%。但是在以后的生活中，该病患儿不能参加激烈的体育运动，并且定期接受医生的心脏检查。