到目前为止，白塞病它的发病机理还是不清楚的，只能说可能和遗传、感染、生活环境有关系，比如目前认为这个病的发病机理是患者在各种发病原因的作用下出现免疫系统功能紊乱，包括细胞免疫和体验免疫失常等等，综合原因所造成的导致的器官组织出现炎症，出现破坏这样的表现。
那么它出现精神障碍的原因是什么呢，到目前为止也不清楚，只能考虑可能和神经递质有一定的关系，比如说五羟色胺和去甲肾上腺素，多巴胺等等神经递质出现，功能紊乱有关系，但是具体是什么样的因果关系还是不清楚的，那么出现这些问题之后，就需要在治疗白塞病的同时，对症处理精神障碍。