结肠癌三期基因突变的患者预后一般比较差，因为结肠癌到三期时就属于临床上的中晚期，癌症中晚期预后一般都不是很好。
结肠癌患者病理分期已经达到三期，同时相关基因检测提示有基因突变，这一类患者患病可能是与体内染色体基因突变有一定的相关性，所以这一类患者的治疗效果和预后不会太好。
结肠癌三期的患者一旦诊断明确之后，如果综合评估还有手术的机会一定要选择手术，手术尽最大努力将所有的肿瘤和转移的淋巴结做全部切除，残余的一些肉眼无法看到的癌细胞，可以通过后续的辅助性化疗进行治疗。