巧克力囊肿的情况下，如果在临床发现就建议做手术，并不一定要达到多大才考虑做手术。
因为巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢组织，在每个月来月经的时候子宫内膜脱落引起出血，而引起异位症的病灶也出现出血的现象。所以会导致囊肿逐渐地增大，期内的压力也会逐渐地增高。如果不及时做手术，当囊肿达到一定大小的情况下，有可能会导致破裂而造成严重的临床后果。
但是，有一点要值得注意，如果是已经接近于围绝经期，并且巧克力囊肿相对不大的情况下，可以考虑给予保守治疗。因为当女性绝经以后，这种囊肿会出现明显缩小的现象，并且也不会再出现继续增大，所以就根据病人的年龄来决定具体的治疗方案。