肛瘘手术以后疼痛的时间，一般是在24小时到72小时左右，具体的还是取决于肛瘘的严重程度，肛瘘手术创面的大小，以及患者对疼痛的耐受程度。
肛瘘属于感染化脓性的疾病，所以一般不进行缝合.在手术以后需要进行换药，在换药的过程当中以及排便的过程当中，手术的创面受到刺激就会产生疼痛。而且肛门周围的神经也比较丰富，对疼痛也比较敏感。
肛瘘手术以后如果发生了疼痛，合理地使用止疼的药物，对于术后伤口的恢复，不会产生负面的影响。另外，肛瘘在手术之后有疼痛，可以口服止疼的药物，还可以使用止疼的药栓，直肠内塞入。还可以使用中药制剂进行局部的坐浴和泡洗，都可以有效缓解疼痛。