鳃裂囊肿和瘘管主要是由于在胚胎发育过程中，鳃裂并没有完全消失，鳃裂的残余皮肤组织就会形成囊肿，囊肿穿破后就会形成瘘管。
鳃裂囊肿和瘘管一旦发生后，如果不进行及早的治疗，随着病情的进展，鳃裂囊肿和瘘管还有可能会发生癌变，因此一旦确诊后，需要及早进行手术治疗。
通过手术切除囊肿和瘘管，并辅助进行抗生素治疗，可使大部分患者痊愈，患者在术后需要做好个人护理，并严格按照医嘱服药，定期到医院复查，以此来查看囊肿的消退程度。一旦出现复发的情况，应及早进行干预治疗。