中医认为口腔溃疡是因上火导致，可能是心胃有火、肝郁气滞的表现，可选择服用中药治疗。用常见药物逍遥散、清胃散、天王补心丹等调理治疗。但因中药见效较慢，也可采用西药治疗。
若溃疡面较多，疼痛感较为强烈，可先选择西瓜霜喷剂、蜂胶贴类药物缓解疼痛感，并促进溃疡面愈合。
如果口腔溃疡反复、经常性发作，可选择免疫抑制剂药物治疗，免疫抑制剂包括胸腺素、转移因子等药物。可起到增强细胞免疫功能的作用，有治疗和预防口腔溃疡的效果。