二糖酶缺乏症是不会自愈的。二糖酶缺乏症是一种与遗传因素有关的疾病，患者的肠粘膜上的刷状缘缺乏某种二糖酶，导致患者在进食这类二糖成分的食物时，会出现不能消化吸收的症状，表现为患者出现、恶心、呕吐、腹痛、腹胀、腹泻等方面的症状。
有这种二糖酶缺乏症的患者，不能进食牛奶等含有二糖成分比较多的食物，儿童阶段也不能进食这类牛奶等食物。只要在饮食方面注意，避免这种二糖含量多的食物，就可以减少或者避免症状的出现，这种疾病不能自愈。