宝宝半夜发烧的原因比较多。可能是由于感染因素导致，常见的病原体是腺病毒、副流感病毒、甲型、乙型流感病毒。特别是年龄比较小的宝宝，身体的各项机能还没有发育成熟，免疫力较为低下，很容易受凉之后使得这些病原体侵入体内，进而引起发烧。
另外，支原体感染、衣原体感染、细菌性感染同样会使宝宝出现半夜发烧的情况，常见的疾病包括肺炎、气管炎、扁桃体炎、胃肠炎等。
此外，如果宝宝存在泌尿道感染，也有可能会出现半夜发烧。如果宝宝刚接种完预防针，也有可能会由于疫苗的特性，引起半夜发烧等副作用。