生殖器隐匿性阴茎的治疗是相对较为简单的，并不复杂。隐匿性阴茎的治疗可以保守治疗，也可以手术治疗矫正畸形，对于儿童出现隐匿性阴茎的患者，可以暂时保守治疗。
一般在达到青春期后，其体内的激素水平会逐渐升高，使阴茎的发育加快，阴茎的外形改变也会较大，部分患者随着肥胖逐渐减轻，脂肪减少可以自行好转。
在青春期后，如果仍存在隐匿性阴茎，这时就需要进行手术治疗，手术时主要切除束缚阴茎的纤维束带及清除脂肪垫，术后阴茎一般可完全恢复正常。