雾化吸入有可能产生以下相关并发症，例如诱发支气管痉挛使患者出现呛咳，甚至出现气喘、胸闷等不适。还有少数患者在做雾化吸入时可诱发呃逆，其形成原因多因患者做雾化时吸入过快、过猛，刺激膈肌导致了打嗝的现象。
有时雾化吸入还可诱发呼吸道感染的发生，例如在使用布地奈德雾化液等糖皮质激素做雾化时，患者未漱口，有可能造成咽喉部以及上气道的念珠菌感染。有时还因雾化器未进行消毒或未注意手卫生，少数人员有可能发生交叉感染。
如果是使用抗生素长期做雾化，还有可能导致呼吸道菌群失调而出现耐药菌的情况。如果做到规范合理做雾化，一般其并发症并不大。