灰指甲的初期，如果要进行治疗，一般主要是以外用药物治疗，通常可以局部的外涂阿莫罗芬搽剂，或者是外涂阿莫罗芬软膏等进行治疗，在治疗期间，也要注意灰指甲周边的皮肤区域是否有真菌感染，如果出现了手足癣，需要及时的进行抗真菌治疗。
比如，可以外涂复方酮康唑乳膏，或者是外涂特比萘芬乳膏等进行治疗，如果患者的灰指甲在继续发展，可能还需要进行口服药物治疗的，口服药物通常可以选择口服特比萘芬，或者是口服伊曲康唑等进行治疗。
但是在口服这些药物之前，一定要检查患者的肝功能。