细菌性痢疾一般需要挂感染科。但如果患者临床症状不典型，需要根据发病时症状选择对应的首诊科室。
细菌性痢疾患者在发病早期，往往不能单纯依靠症状进行明确诊断，到医院进行诊疗时，通常以脓血便、发热等临床症状为主诉。如果患者就诊时伴有发热症状，一般建议首先在发热门诊进行辅助诊断。
如明确诊断为细菌性痢疾，可转诊至感染科。如患者临床以恶心、呕吐、腹痛、腹泻等为主，可就诊于消化内科，在诊断明确后转专科。