附睾结核的原发病灶，常在于肺部、肠道、淋巴腺、扁桃体、肾脏、骨骼等部位。常通过尿路及血行感染，当然以尿路感染较为常见。
一、尿路感染，结核杆菌先经血液侵犯至泌尿系而发生肾结核。从肾脏下行至尿道，再经前列腺导管开口逆行侵犯前列腺精囊炎、输精管蔓延至附睾尾部及睾丸。
二、血行感染，结核杆菌经腹主动脉随精索内动脉进入阴囊直至附睾头部引起感染。附睾结核病变多由附睾尾部开始。局部质硬、增大、不规则、有局限性的结节，逐渐蔓延至附睾体积头部。