扁平疣一般情况下是比较难自愈的，因为扁平疣是病毒性感染导致，通常情况下慢慢增多。
因此建议扁平疣发生了要及早进行治疗，可以采取冷冻或者激光治疗，可以口服增强免疫力的药物，外用抗病毒的药膏。大部分扁平疣在早期进行治疗，效果往往都是比较好的。
当然由于扁平疣是病毒感染性疾病，跟人体的免疫力相关，部分扁平疣在没有治疗的情况下，由于自身免疫力的改变往往可以出现自然脱落。