乙肝和丙肝最大的区别是两者所致疾病的病原体不同。乙肝是乙型肝炎病毒感染导致，而丙肝是丙型肝炎病毒感染导致。
两者的潜伏期、传播途径、临床表现，以及治疗方法都有一定的区别。两者临床表现除了都有常见的肝炎症状，如乏力、纳差、皮肤巩膜黄染等，但是丙肝比乙肝表现更为隐匿，也更容易进展为肝硬化，同时两者的治疗也有区别。
乙肝的治疗包括干扰素和口服核苷类似物，而丙肝的治疗除了干扰素之外，主要是口服直接抗病毒药物DAAs。丙肝的完全治愈率要远远高于乙肝，可达到95%以上。