近视眼是不能治好的疾病，近视眼屈光手术后有些人会有后遗症。可能会的后遗症有干眼症、角膜神经营养性上皮病变、圆锥角膜、角膜内皮失代偿等。
近视眼手术中切断了角膜中的一些神经，使得眼泪分泌减少、角膜知觉下降和营养障碍，这些会产生干眼和角膜神经营养性上皮病变。
有些患者在手术的刺激下角膜中的角膜蛋白会分解，最终出现角膜不断的变薄，引起圆锥角膜这样的后遗症。还有一些选择眼内屈光手术的患者，因为在眼睛的角膜后面植入了一个镜片，刺激和损伤到角膜内皮，引起角膜内皮失代偿。