肠瘘可以直接行瘘口切除并进行肠道吻合手术。若感染严重，需要先行造瘘术，再行肠道吻合术。
当发生肠瘘后，肠道内容物会溢出到腹腔，引起腹膜刺激征及腹腔感染。通常上消化道的肠瘘，漏出液多为消化液，可以引起剧烈的腹痛，而腹腔感染症状较轻。此时，可以行手术将肠瘘切除并将两端肠道吻合术。
下消化道肠内容物多为大便，因此可引起严重的腹腔感染。此时，需要将肠道瘘口切除并行肠道腹壁造瘘术，同时要进行积极的抗感染治疗，等炎症控制后，再行肠道吻合术。