龟头部位出现菜花状的肉芽，用什么样的药物治疗，是要依据疾病的种类判断。
如果这种菜花状的肉芽是人类乳头瘤病毒感染之后，引发的尖锐湿疣，则可以选择在上方涂抹米喹莫特乳膏，或者是鬼臼毒素等药物，将这种肉芽组织消除掉。后期需要涂抹重组人干扰素凝胶等药物防止疾病的复发。
如果龟头表面菜花状的肉芽是鲍温样丘疹病，这种情况单纯选择外用药物去除没有什么效果，口服药物也没有明确的治疗功效。需要及时选择手术切除，然后用已经切除掉的组织做病理学检查，判断是否已经切除干净。