人工牛黄甲硝唑的副作用第一个最严重的不良反应为高剂量的时候可以引起癫痫的发作和周围神经病变或者主要表现为肢端麻木和感觉异常，某些病例长期用药可以产生持续性的周围神经病变。
第二个常见的不良反应有恶心呕吐、腹泻、腹部不适、味觉改变、口干、口腔金属味、食欲减退等胃肠道反应，可逆性的粒细胞减少，皮疹、荨麻疹稍瘙痒等过敏反应。中枢神经系统症状如头晕、头痛、眩晕、感觉麻木、肢体麻木，共剂失调、精神错乱等。还有其他的一些反应，比如说发热、阴道念珠菌的感染、膀胱炎、排尿困难、尿液颜色发黑这些都是可逆性的停药以后会逐渐的恢复