预防流感的最重要的公共卫生措施是应用流感病毒减活疫苗。疫苗的组成，每年应有变化，取决于当前流行的病毒和既往的变异情况。
目前接种流感病毒疫苗，是当今预防流感疾病发生流行的最有效手段。当疫苗和流行病毒抗原匹配良好时，流感疫苗在小于65岁的健康人群中，可预防70%到90%的疾病的发生。
由于免疫系统对接种疫苗需要6到8周才起反应，所以疫苗必须在流感季节到来之前接种，最佳时间为10月中旬至11月中旬。通常每年儿童在一个月内应分开两次接种流感疫苗，而成人每年只需接种一次，在老年人中接种流感疫苗后因流感而住院的比例可下降30%到7%。