先天性马蹄内翻足和股骨头发育不良有以下区别：
首先，先天性马蹄内翻足侵犯的是脚部和踝关节，最终引发的是踝关节和脚的功能障碍。在走路的时候，会引发相应的临床症状。而股骨头发育不良侵犯的是髋关节，尤其是侵犯髋关节内的股骨头，其具体的形态是股骨头变小、变扁，而且会伴有不同程度的髋关节的发育缺陷，而造成的后果，是会导致髋关节功能的明显受限。
但是，股骨头发育不良并不侵犯足踝部，所以先天性马蹄内翻足和股骨头发育不良的区别是非常大的，虽然都会导致下肢功能的异常，但先天性马蹄内翻足不会造成骨质的坏死，而股骨头发育不良，通常容易导致股骨头缺血性坏死。