儿童秋季腹泻发烧的时间长短，需要结合病情轻重程度而定。一般情况下，多数儿童类秋季腹泻症状比较轻微，患儿可能会出现轻度的恶心、呕吐，以及发热症状，属于自限性疾病，可在1~3天左右发热逐渐好转，7~10天左右腹泻慢慢缓解。但是也有个别患儿起病急、病情重，发热时间可能会延长，比如可能会烧3~5天左右。
如果出现相关并发症，比如脑膜炎、肺炎、心肌炎等，甚至引起严重的脱水，其病程时间会明显延长，有些患儿可能会间断发烧一周左右，甚至更长的时间。
因此，儿童秋季腹泻也需要合理用药进行治疗，比如可以服用肠道益生菌类药物、保护胃肠黏膜的药物、对症补液治疗等，控制病情继续发展，使患儿早日康复。