婴幼儿急性肾盂肾炎常以急性感染中毒症状为主要表现，但是缺乏泌尿系统的特殊症状，故在发热性疾病的诊断过程中应警惕尿感的可能，并注意与其他系统的急性感染做鉴别。
急性肾盂肾炎严重者可合并败血症，特别是在新生儿和有阻塞性肾病者，故有明显感染中毒症状及血白细胞比较低的患者应做血培养。 除尿感相鉴别外，急性肾小球肾炎病程中可有暂时性尿白细胞增多，但有血尿、水肿和高血压；急性间质性肾炎和狼疮性肾炎亦有白细胞尿，均应结合临床症状和相关检查作明确鉴别。
对一般抗菌治疗无效应和尿细菌培养多次无细菌生长的尿感，尚应结合胸片、OT试验、尿沉渣找抗酸杆菌、结核培养和静脉肾盂造影等除外泌尿系结核。 蛲虫病和无良好卫生护理的儿童，包茎、会阴炎症亦可出现尿频、尿急症状。