颅内静脉血栓治疗的费用因病情和医院而异。首先跟治疗的医院级别有关系。如果在二级医院需要门槛费500元，三级医院门槛费为850元，省级医院为1200元。费用中还包括正常药物和检查的自负比例。乙、丙类药物和大型检查辅助检查都含有自负部分。有的还有院前的自费的检查。
总的在二级医院大约能花费1000块钱左右。在市级的三甲医院，费用在2000-3000块钱，在省级医院大约能花3000~4000块钱左右。
如果患者有颅内静脉的血栓形成，建议前往卒中救治的医院，进行系统的治疗和检查。