怀孕40天可以进行药物流产，因为在怀孕40天以后，孕囊会逐渐成形，可以使用米非司酮等药物进行药物流产。
但是在进行药物流产之前，应当进行详细的检查，确定是在宫内怀孕，并且也要进行妇科方面的检查，确定孕妇是否存在阴道炎症。如果存在阴道炎症，还需要进行抗感染治疗，将阴道炎症治愈以后才可以进行药物流产。
一定要在医生的指导下安全用药，不要自己私自增加或减少药量，防止引起不良影响。在药物流产以后也要做好各方面的护理，促进身体恢复，避免落下后遗症。