新生儿脐瘘的治疗方法就是手术治疗。
如果是脐尿管瘘，首先在脐部划开皮肤，沿着瘘道分离皮下组织和腹膜前的组织，然后找到脐尿管，充分游离直到膀胱，然后切断脐尿管膀胱端，将膀胱壁做缝合，完整地切除脐尿管后，最后缝合腹壁。
如果是卵黄瘘，它是一种肠道与外界相通，同样需要手术治疗。手术需要切除卵黄管，并且做好肠道的修补吻合。注意手术之前一定要保持好瘘道口的洁净、干燥，还需要进行术前的肠道准备。