大部分结肠炎的治疗是可以保守治疗。
临床上把结肠炎分为两大类，特异性结肠炎和非特异性结肠炎，前者指细菌感染导致结肠炎和菌群失调引起的结肠炎等，这些疾病的原因还是比较明确。而后者包括溃疡性结肠炎及克罗恩病，这些疾病的原因目前还不十分清楚，治疗起来也比较棘手。
结肠炎主要临床表现腹泻、腹痛、黏液便及脓血便、里急后重，甚至有腹泻与便秘交替出现。溃疡性结肠炎和克罗恩病常伴有消瘦、乏力等，常年反复发作，经久不愈。
细菌感染引起的结肠炎，主要是以抗炎、补充益生菌治疗为主，效果好。而溃疡性结肠炎和克罗恩疾病主要是氨基水杨酸类和糖皮质类激素等治疗方法。