先天结肠闭锁可以分为高位和低位。空肠闭锁属于高位的肠闭锁，需要进行腹部造瘘，然后再进行人造肛门，之后再进行回纳，然后再闭锁瘘口，就形成了正常的人工肛门。
后遗症是容易诱发肠粘连和肠梗阻，所以避免后遗症是很重要的。饮食均衡、锻炼而且这些手术越早越好，并发症也会越来越少。手术后还可能会出现肠道的消化、吸收不良的情况，因为手术可能会切除部分的肠段，影响食物的消化和吸收。
还需要注意观察肠道的吻合情况，如果吻合不成功，需要再次行手术治疗。