长期肚子疼痛需要找出病因，针对病因进行及时的治疗。
首先，上腹部疼痛主要考虑是胃和十二指肠疾病，如果是消化不良引起的应注意饮食，同时可以服用一些促进消化的药物。慢性胃炎发作的时候会出现上腹部疼痛，口服一些改善胃肠动力的药物。消化性溃疡出现肚子疼痛，可以用质子泵抑制剂进行对症治疗。
其次，右上腹疼痛主要见于胆石症，发病后主要采取手术治疗。如果出现转移性右下腹疼痛，主要考虑是急性阑尾炎引起，主要以抗感染治疗和手术治疗为主，而且还要注意观察病情变化避免穿孔。