巧克力囊肿的危害还是很大的，不仅会造成身体上的危害，而且对女性的生殖健康也会造成很大的危害。巧克力囊肿，也就是子宫内膜卵巢异位囊肿，是因为子宫内膜异位到卵巢上而形成的。卵巢的周期性出血，会使卵巢包膜增厚、卵巢皮质受到损害，导致排卵障碍。
巧克力囊肿还会造成盆腔的粘连，尤其容易造成输卵管伞端与卵巢的包裹粘连，会引起输卵管堵塞，所以会造成不孕。巧克力囊肿还会引起黄体形成不良，导致黄体功能不足，容易引起流产。会引起明显的下腹部疼痛，出现进行性加重的痛经症状，会导致月经异常。
有些巧克力囊肿还会发生破裂，会导致腹膜炎，会引起肠粘连、肠梗阻，所以对身体健康是极其不利的。一定要及时治疗卵巢巧克力囊肿，更要做好巧克力囊肿的预防，不要在经期同房、剧烈运动。