梅克尔憩室患者不建议吃药治疗。梅克尔憩室是先天性的肠道畸形改变，所以无论吃哪种药物都无法改变这种畸形。
如果是急性炎症发作的时候，可以考虑吃一些头孢类或者喹诺酮类的抗生素治疗，但是疗效有限。最好的治疗办法还是做手术。目前手术首选腹腔镜手术，随着医疗技术飞速发展，绝大部分梅克尔憩室都可以在腹腔镜手术下完成切除，也包括一些非常复杂的情况。
此类手术创伤小、恢复快为许多患者带来了福音。术中需要将憩室整个切除，然后将残余的正常的肠管进行吻合。术后并发症比较少，一般都可以达到完全治愈。