子宫内膜薄首先要查找原因。如果是青春期由于下丘脑-垂体-卵巢轴功能发育不完善，所导致的月经量少、子宫内膜薄，这种情况暂时不需要处理，只需要观察，等到年龄逐渐增长，卵巢功能逐渐完善了，症状就会逐渐缓解。一般经量会逐渐增多，子宫内膜增厚，由于雌激素分泌的水平慢慢升高，症状就会缓解了。
由于绝经以后，或者是更年期、绝经过渡期导致的雌激素水平下降引起的子宫内膜薄，也不需要特别处理。一般也是可以等待观察，当子宫内膜增厚达到0.8cm，可以给予黄体酮撤退出血。
而对于生育年龄的子宫内膜薄，要考虑是由于卵巢功能衰退、卵巢早衰导致的子宫内膜薄，还是由于多囊卵巢综合征导致，催乳素血症导致的。
另外，还有可能由于手术，比如人工流产手术造成子宫内膜基底层的损伤，也会引起子宫内膜薄。要根据不同的原因，进行相应的治疗。