眼睛做手术是会出现副作用的，任何手术都不是绝对安全的，都有可能出现副作用或者后遗症。不同的手术可能出现的副作用也不一样，在术前医生都会对患者及家属进行细致讲解，并签署知情同意书。
但是，一般只要选择正规的医院，手术前进行完善的评估，对眼睛及全身进行细致的检查，血压、血糖等保持稳定，认真听取医生的建议，在手术过程中充分配合，出现副作用的可能性还是比较小的。
手术过后都是有一段时间的恢复期的，例如在白内障手术过后，刚开始由于个人体质不同，可能会出现角膜水肿的情况，但一般恢复几天后就可以缓解，因此不必过度地担心。