菌血症是由于细菌进入人体血液内引起的。大多数患者会出现体表的感染，细菌会在体表的位置大量的繁殖，体表的细菌可以通过感染的伤口进入人体的血液循环，在人体内大量的繁殖发生菌血症。
有些患者发生菌血症还和医疗操作有关，有些患者会在血管内置入导管，比如透析的患者，细菌可以通过导管和皮肤的间隙进入血液内。
有些患者可能会进行导尿的操作，导尿过程中会对尿道产生损伤，细菌也可以通过尿道伤口进入体内。