皮脂腺囊肿分为保守治疗和手术治疗。如果皮脂腺囊肿比较小，而且很少出现感染肿大的情况，一般可以不治疗，对身体健康的影响不是很大。但是一般情况下，皮脂腺囊肿很少自行消退。
对于反复发作，经常出现红、肿、痛或者有分泌物的情况，则需要手术治疗，手术需要选择囊肿没有感染的情况才能做。如果囊肿已经出现感染的情况，需要先进行消炎治疗。
如果不过敏可以口服头孢类抗生素，局部外用夫西地酸乳膏或者莫匹罗星软膏，在炎症消退后再择期手术切除囊肿。手术后注意换药，注意保护局部创面，以免感染。