精子畸形和染色体也有一定的关系。
如果染色体异常会影响男性的精子质量，通常会导致精子畸形率高，死精率高，这属于是先天性的疾病。因为染色体出现异常，男性的生精细胞生长出正常的精子减少，从而导致畸形率高，这是导致不孕的一个主要因素。
经常大量喝酒、吸烟、运动过少，肾虚也会导致精子畸形率偏高的原因之一。前列腺炎症、附睾炎症等这些生殖系统的感染，阴囊局部温度的过高，比如经常坐着、开车等，都可以引起精子的畸形率增加。如果经常泡澡，也可以导致精子的畸形率增加。