颅内疾病可能会引起面肌痉挛，颅内疾病是否会引起面肌痉挛与颅内疾病的发生部位有明确关系。
颅内疾病发生的部位若位于幕上及幕下的小脑，无论是血肿、肿瘤、脑梗塞及血管性疾病，均不会引起面肌痉挛的发生。
若颅内疾病为发生于后颅凹桥小脑角区域的肿瘤、囊肿，随着其逐渐增大，或是发生炎症病变，引起局部组织发生黏连，压迫面神经往往会引起面肌痉挛。面神经除脑干处，局部无髓鞘保护，易受到血管的压迫及波动影响，更加容易引起面肌痉挛的发生。