阵发性房颤引起心脏血栓就需要加强抗凝治疗。需要进行长期的抗凝治疗，选择抗凝的药物包括华法林和新型口服抗凝药，新型口服抗凝药包括利伐沙班和达比加群酯。
对于非瓣膜病性房颤首选利伐沙班或达比加群酯。对于瓣膜病性房颤，瓣膜置换术后患者要选择应用华法林进行抗凝治疗，应用华法林的同时需要监测国际标准化比值。根据患者的年龄和身体状态和是否合并有其它的疾病，需要监测的国际标准化指标是不同的，大致范围在2到3之间。无论是阵发性房颤、持续性房颤还是永久性房颤都可以造成心脏血栓，主要是心房内的血栓形成，左心耳及右心耳部位。
在做心脏外科手术时发现房颤患者心房内均存在着大量的血栓，而血栓脱落以后会造成组织器官的栓塞性病变，常见的是脑栓塞、肺栓塞、肠系膜动脉栓塞、下肢动脉栓塞等。