以前的理论认为小儿肛瘘可以自愈，还认为小儿由于肛门局部的组织还未发育完全，如果得了肛瘘，应在6周岁以后再行手术。
但现如今的理论认为小儿肛瘘不仅不可以自愈，6个月以上就应该及时行手术治疗。因为小儿肛瘘大多为低位肛瘘，而且瘘管非常直，内口也很明确，手术的治愈率非常高，所以应及时手术。
如果不及时手术，局部有可能出现反复的感染，将单纯性的肛瘘变成复杂性的肛瘘。时间久了由于肛门周围瘢痕组织增生会对小儿肛门功能造成一定的影响，也会增加后期治疗的难度。