需要与膜性肾小球肾炎鉴别的疾病是非常多的，病理方面需要区分的有：
一、微小病变型肾病，该病在光镜下面检查肾小球基本正常，而近曲小管上皮细胞可见脂肪病性，免疫病理检查是阴性，特征性的改变是在电镜下面可以发现有广泛的肾小球脏层上皮细胞足突的融合，而膜性肾小球肾炎光镜下面肾小球是弥漫性的病变，有钉突形成，基底膜逐渐增厚。
二、系膜增生性肾小球肾炎，该病好发于青少年，光镜下面主要病理变化是肾小球系膜细胞和系膜基质弥漫增生。
三、系膜毛细血管性肾小球肾炎，该病光镜下面比较常见的病理改变是系膜细胞基质弥漫重度增生，可以插入到肾小球基底膜和内皮细胞之间，使毛细血管袢呈双轨征。