颅底凹陷症可能是以下几种原因造成：
1.先天性因素。主要是由于胎儿在发育的过程当中出现了先天性枕颈部发育畸形，通常还合并有其他部位的畸形，比如中脑导水管闭锁、小脑扁桃体下疝等。
2.继发性因素。通常继发于其他疾病，比如佝偻病、类风湿性关节炎、骨软化病等。这些因素可能会导致颅底的骨质变软，当骨质变软以后，容易受到颈椎的压迫而出现内陷就会导致颅底凹陷症。
3.遗传因素。颅底凹陷症还可能为遗传因素所引起，有部分患者的家族当中都具有颅底凹陷症病史。