肛周脓肿的治疗需要服用抗生素。最好是通过局部穿刺或者脓腔切开引流，采集脓液进行细菌培养，以此选择敏感的抗生素，才能取得较好的效果。
同时建议患者便后及时采用温水或者高锰酸钾溶液，进行肛门清洁或者坐浴，能够促使局部血液循环，起到消炎杀菌、消肿止痛的作用。
肛周脓肿最重要的治疗手段是尽早手术切开引流，不要等到脓肿软化才进行手术，以免脓肿沿着肛周间隙或者淋巴管，蔓延至其它组织内，造成炎症扩散。